Em Portugal, o primeiro supercomputador aberto à comunidade científica foi instalado pela FCCN em 1988.
Entre 2006 e 2007 foram instalados sistemas HPC na Universidade de Coimbra, Universidade do Porto, Instituto Superior Técnico, Laboratório Nacional de Engenharia Civil e Universidade do Minho.
Em 2010 no contexto da Iniciativa Nacional Grid, foi instalado em Lisboa o primeiro sistema HPC com rede de baixa latência aberto a toda a comunidade.
Desde 2017, o Laboratório de Computação Avançada (LCA) da Universidade de Coimbra e a Infraestrutura Nacional de Computação Distribuída (INCD) disponibilizam meios de HPC no âmbito do roteiro de infraestruturas de investigação da FCT. Mais recentemente foi instalado no o supercomputador Oblivion na Universidade de Évora, e o supercomputador BOB no Minho Advanced Computer Center (MACC) numa parceria entre a FCT e a Universidade do Minho.
O aumento da capacidade nacional encontra-se em curso através da criação de centros de visualização e da instalação do supercomputador Deucalion no âmbito da iniciativa Europeia EuroHPC.
Os meios de HPC operados pelo LCA, INCD, Oblivion, e BOB apoiam aplicações em ciências da vida, bioinformática, clima, ciência dos materiais, química computacional, física, e engenharia civil entre outras.
Centros Operacionais de HPC
MACC
Centro de Computação Avançada do Minho
INCD
Infraestrutura Nacional de Computação Avançada
LCA
Laboratório de Computação Avançada da Universidade de Coimbra
HPC-UE
High Performance Computing da Universidade de Évora
Centros de Visualização em HPC
VisLab
MACC
3CA.UBI
Universidade da Beira Interior
CCVCA.UTAD
Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro
CCVCA.UL
Universidade de Lisboa
CCVCA.UP
Universidade do Porto
CCVCA.UALG
Universidade do Algarve
CCVCA.UA
Universidade de Aveiro